水上舞臺的結構設計首先要考慮承載能力，要能夠承受演員、道具、設備等的重量，同時還要考慮到可能出現的風荷載、水流沖擊力等外部因素。在設計階段，需要進行詳細的力學計算，確定支撐結構的尺寸、間距和材料強度。

對於浮筒支撐的舞臺，要考慮浮筒的分布和連接方式，以確保浮力均勻分布，避免舞臺傾斜。樁柱支撐的舞臺則要考慮樁柱的入土深度、樁徑和樁的布置方式，以保證足夠的抗拔力和側向抵抗力。

由於水上舞臺長期處於潮濕的環境中，防水和防腐設計*關重要。舞臺主體的材料要具有良好的防水性能，如采用防水膠合板、PVC 板或防水塗層處理。對於金屬結構，如支撐樁柱、欄桿等，要進行防腐處理，常見的方法有鍍鋅、塗漆等，以延長其使用壽命。

水上舞臺的設計要與周圍的自然景觀和建築風格相協調。如果是在自然湖泊或河流中，舞臺的造型和色彩可以盡量采用自然、簡潔的風格，避免破壞水域的生態美感。在城市景觀水域中，舞臺可以結合城市的建築風格和文化特色進行設計，如融入當地的傳統建築元素或標誌性的文化符號。